Questa sezione vi permette di impostare le variabili che il server MySQL legge all'avvio. Queste variabili sono memorizzate nel file delle opzioni del server. Sotto Windows, il file delle opzioni è my.ini, e si trova nella directory di installazione di Windows ( per esempio, C:\WinNT\my.ini). Si noti che può essere memorizzato alternativamente sotto C:\, ed in questo caso il suo nome è my.cnf. Inoltre si noti che ci possono essere più di un file di opzioni. Sui sistemi operativi diversi da Windows, il file delle opzioni è my.cnf, indipendentemente da dove si trova. Sotto Windows MySQL Administrator vi permette di memorizzare il file delle opzioni in qualsiasi posizione specifichiate. Trovate maggiori informazioni sul file delle opzioni MySQL nella sezione Using Option Files.

Si noti che il server legge le variabili memorizzate nel file delle opzioni solo all'avvio del server. Una volta modificato un file di opzioni, dovete riavviare il server affinchè le modifiche abbiano effetto; potete farlo tramite i pulsanti Stop Server e Start Server nella sezione Service Control