MySQL Administrator працює на сучасних 32-бітних Windows NT базованих операційних системах, включаючи Windows 2000, XP, та 2003. Він не запуститься під Windows NT 4 та нище.

MySQL Administrator встановлюється використовуючи інсталяційний пакет Windows Installer (.msi), що може бути використаний для встановленя MySQL Administrator на всіх операційних системах Windows. Пакет MSI не містить архівного імені ZIP mysql-administrator-version-win.msi, де version визначає версію MySQL Administrator.

Засіб Windows Installer був оновлений з релізом Windows XP; так використовуючи старішу версію можна звернутися до статті Microsoft Knowledge Base для інформації щодо оновлення до останньої версії.

Для встановлення MySQL Administrator, викличте контекстне меню правою клавішою миші на MSI файлі та виберіть Install. Інсталяція почнеться автоматично після того як інсталятор запитає в вас параметри встановлення. Під час інсталяції, ви можете вибрати якщо хочете створення лінків в меню Start, та/або іконки на робочому столі інсталятором.

Якщо ви маєте проблеми з запуском інсталятора, ви можете завантажити ZIP файл без інсталятора як альтернативу. Цей файл називається mysql-administrator-version-win-noinstall.zip. Використовуючи ZIP програму, розпакуйте його в директорію на ваш вибір. Ви можете захотіти створити лінки на MySQLAdministrator.exe на вашому робочому столі чи в панелі швидкого запуску.

Якщо ви не вибрали інакше, MySQL Administrator встановлюєтья в C:\%PROGRAMFILES%\MySQL\MySQL Administrator 1.0\MySQLAdministrator.exe, де %PROGRAMFILES% є директорією по замовчуванню для програм на вашій машині. Для прикладу, цією директорією може бути C:\Program Files чи C:\programme.