Дана секція дозволяє встановити змінні котрі сервер MySQL читає при запуску. Дані змінні зберігаються в файлі опцій сервера. У Windows, файл опцій називається my.ini, і розташований в інсталяційні директорії (для прикладу,C:\WinNT\my.ini). Зауважте що він альтернативно може бути збереженим за шляхом C:\, в такому випадку він називається my.cnf. Також зауважте що може бути більше ніж один файл опцій. В операційних системах відмінних від Windows, файл опцій називається my.cnf, незалежно від його розміщення. У Windows, MySQL Administrator дозволяє вам зберігати файл опцій у будь-якому розташуванні яке ви вкажете. Ви можете знайти більше інформації про файл опцій MySQL в розділі Використання файлу опцій .

Зауважте що сервер зчитує змінні збережені в файлі опцій тільки при старті сервера. Після зміни файлу опцій, ви повинні перезапустити сервер щоб зміни дали ефект. Ви можете зробити це використовуючи кнопки Stop Server і Start Server в секції Service Control .