У Windows, профайл підключення зберігається в директорії C:\Documents and Settings\ UserName \Application Data\MySQL , де UserName є ім'ям поточного користувача Windows. У Linux, файли зберігаються в директорії ~/.mysqlgui. Налаштування зберігаються у файлі названому mysqlx_user_connections.xml. Вміст цього файлу схожий на цей:

<?xml version="1.0"?>
 <user_connections>
 <last_connection>1</last_connection>
 <password_storage_type>2</password_storage_type>
 <user_connection>
  <connection_name></connection_name>
  <username>root</username>
  <hostname>localhost</hostname>
  <port>3306</port>
  <schema></schema>
  <advanced_options/>
  <storage_path></storage_path>
  <notes></notes>
  <connection_type>0</connection_type>
  <storage_type>2</storage_type>
  <password></password>
 </user_connection>
 ...

Файл можливо редагувати вручну, але зважаючи на валідність XML. Коли вносяться зміни шляхом редагування та збереження файлу, ці зміни будуть відображені наступного разу коли ви відкриєте розділ З'єдання (Connections) Діалогу Опцій (Options Dialog). Застосування змін не потребує перезапуску додатку.

Адміністратор бази данних може відредагувати файл у відповідності до своїх вподобань, після чого скопіювати його на будь-яку іншу машину де працюють графічні утиліти MySQL. Це робить легшим створення ідентичних профайлів підключень на усіх машинах, без необхідності індивідульного створення цих профайлів вручну. Всі конфігураційні XML файли гафічних утиліт MySQL є переносимими між платформами та можуть переноситися між Windows та Linux машинами.