A chave para um gerenciamento seguro de banco de dados é tirar backups regularmente.

O InnoDB Hot Backup é uma ferramenta de backup online que você pode utilizar pra fazer backup dos seus banco de dados InnoDB enquanto ele está executando. O InnoDB Hot Backup não exige que você finalize o seu banco de dados e não realiza nenhum bloqueio ou cria disturbio no seu processo normal de banco de dados. O InnoDB Hot Backup é uma ferramenta adcional paga e que não está incluída na distribuição padrão do MySQL. Veja o site do InnoDB Hot Backup http://www.innodb.com/manual.php para informações detalhadas e telas do produto.

Se você puder desativar o servidor MySQL, então, para fazer um backup de 'binario' do seu banco de dados você deve fazer o seguinte:

Além de fazer um backup de binário descrito acima, você também deve fazer um dump da sua tabela com mysqldump. A razão para se fazer isto é que um arquivo binário pode ser corrompido cem você perceber. Dumps de tabelas são armazenados em um arquivo texto legível e muito mais simples que arquivos binários de banco de dados. Ver tabelas corropidas através de arquivos de dump é mais fácil e, como o seu formato é simples, a chance dos dados se corromperem seriamente são bem menores.

Uma boa idéia é fazer dumps ao mesmo tempo que você faz o backup de binário do seu banco de dados. Você tem que fechar todos os bancos de dados nos clientes para ter uma cópia consistente de todas as suas tabelas em seu dump. Então você pode fazer o backup de binário e você terá uma cópia consistente de seu banco de dados em dois formatos.

Para se poder recuperar o seu banco de dados InnoDB através do backup de binário descrito acima, você tem que executar o seu banco de dados MySQL com o sistema de log geral e o arquivamento de log do MySQL ligado. Com sistema de log geral nós queremos dizer o mecanismo de log do servidor MySQL que é independente dos logs do InnoDB.

Para recuperação de falhas do seu processo do servidor MySQL, a única coisa que você deve fazer é reiniciá-lo. InnoDB verificará automaticamente os logs e realizará um roll-forward do banco de dados para o situação atual. O InnoDB fará automaticamente um roll back de transações sem commit existentes no momento da falha. Durante a recuperação, InnoDB irá imprimir algo como o seguinte:

~/mysqlm/sql > mysqld
InnoDB: Database was not shut down normally.
InnoDB: Starting recovery from log files...
InnoDB: Starting log scan based on checkpoint at
InnoDB: log sequence number 0 13674004
InnoDB: Doing recovery: scanned up to log sequence number 0 13739520
InnoDB: Doing recovery: scanned up to log sequence number 0 13805056
InnoDB: Doing recovery: scanned up to log sequence number 0 13870592
InnoDB: Doing recovery: scanned up to log sequence number 0 13936128
...
InnoDB: Doing recovery: scanned up to log sequence number 0 20555264
InnoDB: Doing recovery: scanned up to log sequence number 0 20620800
InnoDB: Doing recovery: scanned up to log sequence number 0 20664692
InnoDB: 1 uncommitted transaction(s) which must be rolled back
InnoDB: Starting rollback of uncommitted transactions
InnoDB: Rolling back trx no 16745
InnoDB: Rolling back of trx no 16745 completed
InnoDB: Rollback of uncommitted transactions completed
InnoDB: Starting an apply batch of log records to the database...
InnoDB: Apply batch completed
InnoDB: Started
mysqld: ready for connections

Se o seu banco de dados for corrompido ou o seu disco falhar, você terá que fazer recuperações de um backup. no caso de dados corropidos, você deve primeiro encontrar um backup que não está corrompido. A partir de um backup, faça a recuperação a partir do arquivo de logs gerais do MySQL de acordo com a instrução no manual do MySQL.