No MySQL 3.23.44 e acima, tabelas InnoDB suportam verificação de restrições de chaves estrangerias. See Secção 7.5, “Tabelas InnoDB”. Veja também Secção 1.8.4.5, “Chaves Estrangeiras”.

Você não precisa de chaves estrangeiras para unir 2 tabelas. Para outros tipos de tabela diferentes de InnoDB, As únicas coisas que o MySQL atualmente não faz são 1) CHECK, para ter certeza que as chaves que você usa realmente existem na tabela ou tabelas referenciadas e 2) apagar automaticamente registros da tabela com uma definição de chave estrangeira. Usando suas chaves para unir a tabela funcionará bem:

CREATE TABLE person (
    id SMALLINT UNSIGNED NOT NULL AUTO_INCREMENT,
    name CHAR(60) NOT NULL,
    PRIMARY KEY (id)
);

CREATE TABLE shirt (
    id SMALLINT UNSIGNED NOT NULL AUTO_INCREMENT,
    style ENUM('t-shirt', 'polo', 'dress') NOT NULL,
    colour  ENUM('red', 'blue', 'orange', 'white', 'black') NOT NULL,
    owner SMALLINT UNSIGNED NOT NULL REFERENCES person(id),
    PRIMARY KEY (id)
);


INSERT INTO person VALUES (NULL, 'Antonio Paz');

INSERT INTO shirt VALUES
(NULL, 'polo', 'blue', LAST_INSERT_ID()),
(NULL, 'dress', 'white', LAST_INSERT_ID()),
(NULL, 't-shirt', 'blue', LAST_INSERT_ID());


INSERT INTO person VALUES (NULL, 'Lilliana Angelovska');

INSERT INTO shirt VALUES
(NULL, 'dress', 'orange', LAST_INSERT_ID()),
(NULL, 'polo', 'red', LAST_INSERT_ID()),
(NULL, 'dress', 'blue', LAST_INSERT_ID()),
(NULL, 't-shirt', 'white', LAST_INSERT_ID());


SELECT * FROM person;
+----+---------------------+
| id | name                |
+----+---------------------+
|  1 | Antonio Paz         |
|  2 | Lilliana Angelovska |
+----+---------------------+

SELECT * FROM shirt;
+----+---------+--------+-------+
| id | style   | colour | owner |
+----+---------+--------+-------+
|  1 | polo    | blue   |     1 |
|  2 | dress   | white  |     1 |
|  3 | t-shirt | blue   |     1 |
|  4 | dress   | orange |     2 |
|  5 | polo    | red    |     2 |
|  6 | dress   | blue   |     2 |
|  7 | t-shirt | white  |     2 |
+----+---------+--------+-------+


SELECT s.* FROM person p, shirt s
 WHERE p.name LIKE 'Lilliana%'
   AND s.owner = p.id
   AND s.colour  <> 'white';

+----+-------+--------+-------+
| id | style | colour | owner |
+----+-------+--------+-------+
|  4 | dress | orange |     2 |
|  5 | polo  | red    |     2 |
|  6 | dress | blue   |     2 |
+----+-------+--------+-------+