Suponha que você esteja utilizando o nível de isolamento padrão REPEATABLE READ. Quando você executa uma leitura consistente, isto é, uma instrução SELECT comum, o InnoDB dará a sua transação um ponto no tempo de acordo com o que a sua consulta viu no banco de dados Assim, se a transação B deleta uma linha e faz um commit depois que o ponto no tempo foi atribuido, então você não verá a linha deletada. Inserções e atualização são feitos de forma parecida.

Você pode avançar o seu ponto no tempo fazendo um commit da transação e fazendo outro SELECT.

Isto é chamado controle de concorrência multi-version.

                  User A                 User B

              SET AUTOCOMMIT=0;      SET AUTOCOMMIT=0;
time
|             SELECT * FROM t;
|             empty set
|                                    INSERT INTO t VALUES (1, 2);
|
v             SELECT * FROM t;
              empty set
                                     COMMIT;

              SELECT * FROM t;
              empty set;

              COMMIT;

              SELECT * FROM t;
              ---------------------
              |    1    |    2    |
              ---------------------

Assima o usuário A vê a linha inserida por B apenas quando B fizer um commit da inserção e A tiver feito um commit de sua própria transação pois assim o ponto no tempo é avançado para depois do commit de B.

Se você deseja ver o estado mais atual do banco de dados, você deve utilizar uma trava de leitura:

SELECT * FROM t LOCK IN SHARE MODE;