Wenn Sie mit ALTER TABLE versuchen, eine MERGE-Tabelle in eine andere Speicher-Engine umzuwandeln, geht die Zuordnung der zugrunde liegenden Tabellen verloren. Stattdessen werden die Zeilen der zugrunde liegenden MyISAM-Tabellen in die geänderte Tabelle kopiert, die dann die neue Speicher-Engine verwendet.

REPLACE funktioniert nicht.

DROP TABLE, ALTER TABLE, DELETE ohne WHERE-Klausel, REPAIR TABLE, TRUNCATE TABLE, OPTIMIZE TABLE oder ANALYZE TABLE dürfen auf keine Tabelle angewendet werden, die einer offenen MERGE-Tabelle zugeordnet ist. Wenn Sie dies tun, verweist die MERGE-Tabelle später weiterhin auf die Originaltabelle, was zu unerwarteten Ergebnissen führen kann. Am einfachsten können Sie dieses Problem umgehen, indem Sie mit einer FLUSH TABLES-Anweisung vor diesen Operationen dafür sorgen, dass keine MERGE-Tabellen offen bleiben.

Unter Windows funktioniert kein DROP TABLE auf einer Tabelle, die gerade von einer MERGE-Tabelle benutzt wird, da die Tabellenzuordnung der Speicher-Engine MERGE vor der oberen Schicht von MySQL verborgen wird. Da Windows das Löschen geöffneter Dateien nicht gestattet, müssen Sie zuerst alle MERGE-Tabellen auf die Festplatte zurückschreiben (mit FLUSH TABLES) oder die MERGE-Tabelle vor der anderen Tabelle löschen.

Eine MERGE-Tabelle kann keine Uniqueness Constraints über die gesamte Tabelle hinweg aufrecht erhalten. Wenn Sie ein INSERT ausführen, werden die Daten in die erste oder letzte der MyISAM-Tabellen geladen (je nach dem Wert der Option INSERT_METHOD). MySQL gewährleistet die Eindeutigkeit von Unique-Keys innerhalb dieser einen MyISAM-Tabelle, aber nicht für die gesamte Tabellengruppe.

Beim Anlegen einer MERGE-Tabelle wird nicht geprüft, ob die zugrunde liegenden Tabellen existieren und gleich strukturiert sind. Wenn die MERGE-Tabelle verwendet wird, prüft MySQL, ob alle zugeordneten Tabellen gleich lange Zeilen haben, aber narrensicher ist diese Überprüfung nicht. Legen Sie eine MERGE-Tabelle aus ungleichen MyISAM-Tabellen an, so müssen Sie sich auf ein paar seltsame Probleme gefasst machen.

Die Reihenfolge der Indizes in der MERGE-Tabelle und den ihr zugrunde liegenden Tabellen sollte gleich sein. Wenn Sie mit ALTER TABLE einer Tabelle, die in einer MERGE-Tabelle benutzt wird, einen UNIQUE-Index hinzufügen, und dann mit einem weiteren ALTER TABLE der MERGE-Tabelle einen nicht-eindeutigen Index geben, ist die Reihenfolge der Indizes unterschiedlich, wenn auch die zugrunde liegende Tabelle zuvor bereits einen nicht-eindeutigen Index hatte. (Dazu kommt es, weil ALTER TABLE UNIQUE-Indizes vor nicht-eindeutige Indizes setzt, um das schnelle Auffinden doppelter Schlüsselwerte zu erleichtern.) Infolgedessen können Anfragen von Tabellen mit solchen Indizes unerwartete Ergebnisse liefern.