Em Windows, perfís de conexão são armazenados no diretório C:\Documents and Settings\UserName\Application Data\MySQL, onde UserName é o nome do usuário do Windows atualmente conectado. Em Linux, os arquivos são armazenados no diretório ~/.mysqlgui. As definições são armazenadas em um arquivo chamado mysqlx_user_connections.xml. O conteúdo deste arquivo se parece com:

<?xml version="1.0"?>
 <user_connections>
 <last_connection>1</last_connection>
 <password_storage_type>2</password_storage_type>
 <user_connection>
  <connection_name></connection_name>
  <username>root</username>
  <hostname>localhost</hostname>
  <port>3306</port>
  <schema></schema>
  <advanced_options/>
  <storage_path></storage_path>
  <notes></notes>
  <connection_type>0</connection_type>
  <storage_type>2</storage_type>
  <password></password>
 </user_connection>
 ...

Você pode editar o arquivo manualmente, mas tenha cuidado para não invalidar o formato XML. Quando fizer alterações editando e salvando o arquivo, elas só serão mostradas a próxima vez que você abrir a seção Connections do Options Dialog. Não será necessário reiniciar sua aplicação para que as modificações tenham efeito.

Administradores de banco de dados podem editar o arquivo e copiá-lo para outra máquina executando as ferramentas GUI MySQL. Isto facilita manter perfís de conexões idênticos em várias máquinas, sem ter de configurá-los individualmente. Todos os arquivos de configuração XML para as ferramentas GUI MySQL são compatíveis com Multi-Plataforma e podem ser transferidos entre sistemas em máquinas Windows e Linux.